Tobias tiene una conversación con su madre, Evelyn, en la que ella menciona que un grupo rebelde, llamados "Los Leales" se encuentran entre ellos y que su objetivo es salir de la ciudad. Más tarde, muchas personas
Sin Facción están destruyendo las cuencas de las Facciones de la
Ceremonia de Elección, cuando
Edward intentó destruir la cuenca de
Erudición con un martillo un hombre erudito lo detiene, sin embargo el hombre es golpeado con el martillo por el mismo Edward, resultando muerto. Segundos después, tres disparos se escuchan, uno hacia Edward, que es declarado muerto más tarde. Tobias sospecha que su propia madre, además dolida por la muerte de Edward, fue quien inició la manifestación.
Evelyn declara dos reglas para una mejor convivencia para la ciudad: Un toque de queda de 9 pm a 8 am (21:00 a 8:00) y que todos los trabajos debían realizarse igual a los de Sin Facción. Más tarde, Tris observa que un chico de
Verdad esta siendo atacado por chicos de Sin Facción debido al incumplimiento del "Código de Vestimenta". Beck, una de las atacantes, la amenaza, sin embargo Tris la evade. Minutos después es atacada, Los Leales le ponen una funda de almohada en su cabeza para que ella no los identifique, sin embargo Los Leales sólo la invitan a una reunión ya que saben que Tris no es leal a Evelyn, esta acepta.
El juicio de
Caleb se lleva a cabo en secreto. Mientras, Tris planea ir a la reunión con Uriah y Christina. Sorpresivamente, en el lugar de reunión, Tris observa que los lideres de Los Leales son
Johanna Reyes y Cara, siendo últimamente ayudados por
Zeke y
Tori. Las líderes planean salir de la ciudad para ver cómo luce y ver si hay población, por lo cual los reclutados para ir son Christina, Tris, Tobias, Tori, Uriah y
Peter.
Robert ayudará a Johanna a administrar los camiones de
Cordialidad. Stephenie y Rose, familiares de Christina, se encargarán de vigilar a Evelyn. Y otro osado ayudará con las armas.
Caleb es declarado traidor y lo mandan a ejecutar, sin embargo Tobias le promete a Tris sacarlo, aunque ella sepa que Caleb era un traidor.
Tobias va a la sede de
Osadía para entrar a su un paisaje de miedo, y en sus miedos siguen estando Tris y
Marcus. Más tarde va a la celda de Caleb, donde logra sacarlo (con algún que otro forcejeo). Zeke, que ayuda a Tobias a despejar el callejón para escapar con Caleb, se despide, ya que no puede dejar a
Shauna sola. Caleb es cuidado por Tobias ya que el es un traidor. Finalmente Los Leales se encuentran en el punto de reencuentro, el tren, y se dirigen a la Valla. Tori, luego de ordenar todo, es disparada en el estómago y en el pecho por personas Sin Facción que intentaban detenerlos. Christina y Johanna aparecen con una camioneta y se alejan del lugar.
Después del dolor por la muerte de Tori y la muerte de venganza hacia las personas sin Facción, salen al exterior de la Valla. Empiezan a ver cómo es el mundo exterior, sin embargo escuchan el ruido de un motor, a pesar de que no sabían que había vida. Del camión sale una mujer, Zoe, y un hombre,
Amar, este último es el entrenador de Tobias que había sido declarado muerto años atrás por ser Divergente. Son trabajadores de los mismos que fundaron la ciudad, la misma organización de
Edith Prior. Zoe sabe el nombre de Tris, cosa que le preocupa a Tris, sin embargo Zoe le muestra una foto donde aparece
Natalie, su madre. Esto hace que Tris tenga más confianza con Zoe y Amar. Zoe los invita hacia su sede, lo cual todos aceptan ir.
Llegan a un lugar muy seguro y cuidado. Zoe les explica que el Aeropuerto O'Hare se convirtió en la Oficina de Bienestar Genético. Seguidamente, ésta les dice que deben dejar las armas en el Control de Seguridad y podrán buscarlas al salir si lo deseaban. Zoe los dirige al interior del aeropuerto, para ser exactos es alguna tipo de sala de control, donde está un hombre,
David, que es el líder de la Oficina, un científico que trabaja en un experimento. El explica que antes Estados Unidos estaba trabajando en un experimento genético, ya que por los genes se pueden colocar o quitar cualidades a las personas; cuando el experimento dio sus efectos, todo se derrumbó, y las personas afectadas fueron causantes de una Guerra civil en el país donde casi la mitad de la población murió. Tris se da cuenta que eso fue la causa de la creación de las facciones:
Osadía, valientes pero crueles,
Erudición, inteligentes pero vanidosos,
Cordialidad, pacíficos pero extraños,
Verdad, honestos pero desconsiderados y
Abnegación, desinteresados pero sofocantes. Al terminar la guerra las personas exigieron una solución al problema genético, y se formó la Oficina de Bienestar Genético, lo cual los predecesores designaron un experimento para restaurar a la humanidad en su estado genético puro. A los individuos genéticamente dañados los llevaron a un entorno seguro a largo plazo, donde la Oficina les da sueros básicos para que puedan controlar su sociedad. Esperan por largo tiempo, de generación en generación, para que produjeran personas genéticamente sanas, o personas conocidas como Divergentes. En otras palabras, Chicago es un experimento. Las facciones fue un experimento, para observar sus movimientos. David más tarde los lleva a una sala para que puedan dormir, pero por la curiosidad de Tris, a través de David se entera que su madre era uno de ellos y que fue enviada a Chicago cuando era joven para un experimento. Por eso David le da un diario repleto de notas hechas por Natalie, su madre. Tobias parece muy angustiado.
Todos se van a dormir, sin embargo Tobias sale de su cama a caminar y encuentra a Amar. Ellos hablan acerca del juicio de Marcus, que se llevaría a cabo. Seguidamente, Tris se levanta y encuentra a Zoe, por lo cual ella la lleva a la Oficina y le explica que hay otra ciudad experimental, Indianápolis, pero lo que lo diferencia de Chicago es que no implementaron las Facciones, convirtiéndose un fracaso de experimento. Sin embargo otras ciudades como San Lois, Detroit y Minneapolis sí implementaron facciones.
Matthew, un científico joven ayudante de David, le propone a Tris experimentar con sus genes ya que ella tenía sus genes más que curados, igual que Tobias, ella acepta.
Tobias y Tris hablan acerca de Natalie, cuando entra
George a la habitación enterándose que su hermana estaba muerta. Matthew lleva a Tris y Tobias a la sala de terapia genética, donde se experimentará con sus genes. Una chica, Nita, prepara unas pruebas para Matthew. Ella es la técnica del laboratorio, vivió anteriormente en la ciudad experimental de Indianápolis. Nita aplica el suero de Rastreador Genético, y Matthew explica que hay personas quienes pueden soportar un suero sin ser divergentes (no tener genes curados), lo cual es una anomalía. Matthew finalmente tiene los resultados, Tris esta genéticamente curada, una PG (Pura Genéticamente), mientras que Tobias está genéticamente dañado pero aparenta ser un Divergente. Esto molesta a Tobias, tiene una discusión con Tris y se va, pero seguidamente Nita lo invita a una reunión donde ella podrá explicarle todo a Tobias sobre genes dañados.
Tris es invitada por Zoe a volar en un avión junto a Cara, Christina, Caleb, Uriah y Peter. Todos suben al avión y una señora llamada Karen da las instrucciones. Tris empieza leyendo la primera nota del diario de su mamá, luego su hermano intenta hablarle pero ésta no quiere. Tobias asistió a la invitación de Nita, en la planta baja de la Oficina, donde vienen los trabajadores de mantenimiento y personas en su mayoría DG (Dañados Genéticamente). Allí Tobias se entera que fue invitado para observar la ejecución de su padre en el centro de control, pero finalmente Marcus no será ejecutado, solo será enviado más allá de la Valla.
Tris finaliza de leer el diario de su madre, y a través de Zoe se entera cómo se conocieron sus padres y por qué cambiaron de facción. Después, Tris le da la
tablet a Caleb, seguidamente él la lleva a una sala donde se guardan los expedientes del experimento de Chicago, donde Caleb ha estado varias veces. Allí Tris se entera de que Edith Prior es un familiar y que ella fue una trabajadora de la Oficina, y que ella misma decidió ingresar al experimento uniéndose a
Erudición. Tris luego se entera que Caleb ingreso a Erudición por la descendencia, casi toda su familia ha sido Erudita. Ella sale de la habitación, un poco molesta. Tobias es invitado por Nita durante la madrugada a llevarlo hacia una habitación donde en sus paredes se encuentran los árboles genealógicos de muchos, entre ellos el de él. Nita le explica que los Dañados Genéticamente están conformando un grupo rebelde. Más tarde es llevado ante Rafi y Mary para que los conociera, son los líderes del grupo rebelde del Medio Oeste, también hay otro grupo rebelde llamado Este. Nita le explica a Tobias que los Puros Genéticamente creen que ellos son los "correctos" y que tal vez ellos tengan control o prejuicios contra los Dañados Genéticamente, a pesar de ser personas por igual.
Tobias le dice a Tris todo lo que le ha dicho Nita sobre los dañados genéticamente y sobre el grupo rebelde, después él la invita a seguirlo, aunque Tris no esté muy segura de Nita. Cuando Tobias se presenta ante Nita con Tris ésta acepta llevarla, aunque no esté a favor completamente. Ésta los lleva a un almacén donde se encuentra Reggie, un científico Dañado Genéticamente. Este chico les muestra algunas imágenes sobre el pasado. Más tarde Nita les explica que la Oficina lástima personas, ya que ellos contactaron a
Jeanine Matthews para destruir a Abnegación a través de un suero de control mental, el ataque de Osadía hacia Abnegación, por el hecho de que Abnegación revelaría la verdad sobre Chicago, en ese caso la Oficina creyó que sería mejor destruir la facción antes de revelar el experimento. También el Gobierno creyó que sería mejor acabar con el experimento, sin embargo la Oficina siguió en eso y reiniciarían el experimento con el suero de memoria si fuera necesario. Tobias acepta el plan de Nita, que es robar el suero de memoria y evitar el reinicio, pero Tris no acepta.
Tris finalmente se da cuenta que Matthew es la persona Genéticamente Pura que le proporciona información a Nita. También se entera que el plan original de Nita es robar el suero de la muerte y causar otra guerra, lo cual Matthew y Tris intentan detener, sin embargo mientras caminan una explosión ataca al lobby de la Oficina. Tris y Matthew caminan hacia la explosión y se adentran a los pasillos por donde posiblemente los atacantes entraron. Tris en el camino recoge dos armas de vigilantes muertos. Seguidamente, Tris observa a Nita y dos cómplices al final del pasillo torturando a David para conseguir un código y robar los sueros, sin embargo Tris los detiene con algunos tiros, por lo cual ella termina herida, mientras que los cómplices de Nita escapan. Tris es llevada al hospital para curar sus heridas. Minutos después observa a Nita siendo llevada en una camilla, por eso Tris sale y se encuentra con Christina preocupada por Uriah que estuvo cerca de las bombas. A través de ella Tris se entera que Tobías fue capturado. Rápidamente Tris va directamente hacia la sala donde tienen a Tobias capturado, y mantiene una conversación después de que un guardia la permitiera pasar. Ella le menciona a Tobias lo que hizo y se larga, dejando a Tobias pensando. Por otro lado Tris estaba triste, sin embargo lleva a Cara a los almacenes donde están los sueros de la muerte. Tobias con su libertad condicional (mientras que Nita tiene cárcel de por vida) va al centro de control, allí observa en los televisores a su padre teniendo una conversación con Johanna. Esta última conoció el secreto de Marcus sobre que él golpeaba a su esposa e hijo, por lo que no confiaba en él, pero a través de las palabras de Marcus ella cambia de opinión y piensa que sería bueno establecer a Marcus como líder de Los Leales para armar una rebelión en contra de los Sin Facción. Tobias se va a otro televisor y esta vez observa a su madre llorando. Tobias es llevado por Cara al laboratorio de Matthew donde allí se llevaría a cabo una reunión, ahí están todos los Leales. Todo lo que hacen es planear un juego de espionaje y desarrollar un suero de la verdad que sea difícil de resistir par los Puros Genéticamente. Después de la reunión Tobias intenta hablar con Tris para recibir una disculpa, pero ella triste le menciona que lo debe pensar. Tris más tarde es llevada a un viaje hacia la frontera con Amar y George y su equipo de seguridad para investigar un poco más sobre el comportamiento de los Dañados Genéticamente que viven en la frontera. Allí George es capturado por un DG mientras que otros DGs observaban. Tris lo rescata y se van del lugar. Tobias va al centro de control nuevamente a ver a sus padres por las cámaras. Encuentra primero a Evelyn, que habla con algunos Sin Faccion. Seguidamente observa un grupo de personas esparcidas a las afueras de un edificio, son los Leales. El edificio es una bodega de armas y los Leales entran a robar todo, matando algunos Sin Faccion que vigilaban. Tobias se da cuenta que Marcus y Johanna se encuentran ahí. Tris después de llegar del viaje va a su habitación, donde Caleb le dice que Tobias se encuentra en el cuarto genealógico, y ella va directo. Allí se encuentra con Tobias, finalmente lo perdona. Tris va directo a la primera reunión como candidata a Consejera dada por el mismo David, allí ella se entera que la Oficina reiniciará el experimento de Chicago en las próximas 48 horas. Tris rápidamente le informa a Tobias y Cara, por lo cual planean usar el suero de la memoria en contra de la Oficina. Antes de cualquier cosa, Tris va a la cárcel de Nita y le informa sobre el nuevo plan mientras que Nita le ofrece explosivos provenientes de Reggie para explotar la puerta de la Habitación de Armas que tiene los sueros. Por otro lado Tobias, Peter y Christina serán llevados por Amar a Chicago para salvar a unos poco del reinicio, a pesar de que Amar es aliado a la oficina y este no sabe el plan de Tris. Después de ser inyectados con un suero que es inmune al suero de memoria (el suero de memoria será usada para reiniciar Chicago), Christina y Tobias mantienen una conversación donde Tobias menciona que usará el suero de memoria en uno de sus padres o en los dos para detener la guerra entre los Sin Facción y los Leales (Evelyn es jefa de los Sin Facción mientras que Marcus lidera a los Leales). En otro reunión todos se dan cuenta que para entrar a la Habitación de Armas debe haber una persona dispuesta morir ya que hay una medida de seguridad de respaldo que hace salir suero de la muerte en aerosol por la habitación, Caleb acepta ser el que entrará a la habitación simplemente para que Tris lo perdonara. Antes de todo, Tobias le enseña a Caleb usar un arma, con algunas dificultades, después se prepara todo para la entrada a Chicago. Antes de salir, Tobias observa las pantallas de el centro de seguridad para tener en cuenta la localización de sus padres. Seguidamente van en camino hacia Chicago en una camioneta, sin embargo Christina mintió de tener ganas de ir al baño para pinchar las llantas y así Tobias pudo ir a buscar otro auto, el plan tiene éxito y Tobias se encamina rumbo a Chicago con Peter. Lo que hará realmente Tobias es detener a uno de sus padres.
Tris, Matthew y Caleb observan algunos sueros, mientras que Cara pasa más tiempo en el Centro de Control para inyectar el suero de la paz en los vigilantes. Tris y Caleb tienen una conversación tranquila, mientras que Tris se siente triste y culpable porque su hermano eligió morir, sin embargo algo inesperado ocurre: Por seguridad todos en la Oficina deben retirarse del edificio para llevar a cabo el reinicio, por lo cual Tris empieza el plan antes de Tiempo. Por otro lado, Tobias forcejea con Peter por el suero de la memoria que Christina le dio a Tobias, ya que este último lo quería robar porque quería reiniciarse a sí mismo, sin embargo Tobias le promete dárselo si este no era agresivo, después Tobias decide que su madre, Evelyn, merece ser reiniciada.
Tris corre por un pasillo con Matthew y Caleb para llevar a cabo el plan de llevar a este último a la habitación de armas, sin embargo se dan cuenta que aún hay guardias en los pasillos, por lo cual Matthew lanza tiros al aire por distracción mientras que Caleb y Tris corren a la habitación, pero un guardia los descubre. Por un momento Tris se da cuenta que Caleb es su hermano, y que debería perdonarlo, entonces también se da cuenta que ella lo ama y que no merece morir, por lo cual agarra la mochila con explosivos y dispara al guardia, ella va directo a la habitación de armas en vez de Caleb. Después de un forcejeo con algunos guardias, ella entra a la habitación de armas. Tobias camina a la sede de los Sin Facción (anteriormente de Erudición) la cual es dirigida por Evelyn. Allí ellos dos mantienen una conversación, en la cual Tobias le menciona que la eligió a ella porque quiere que su madre original vuelva y no sea como Marcus. Repentinamente Evelyn se da cuenta, y elige a Tobias por sobre todo.
Cuando Tris llega a la habitación de armas, el suero de la muerte en aerosol se activa, sin embargo Tris es inmune. Cuando llega al laboratorio donde están los sueros, David se encuentra ahí, ya que él sabía que sucedería esto. Después de una discusión, Tris rápidamente acciona el suero, sin embargo David la dispara dos veces, haciendo que Tris muera. Por otro lado Tobias y Evelyn planean una tregua con Marcus y Johanna, pero Marcus no acepta, aunque Johanna siendo la líder oficial de los Leales acepta los términos de Evelyn y detienen la guerra. Luego Tobias le menciona a Zeke y Hana, la madre de Uriah, que este último estaba por morir. Tobias le ofrece a Zeke y Hana ir al exterior y despedirse de Uriah para desconectarlo de su respirador artificial.
Cuando llegan a la Oficina todo es extraño. El plan de Tris funcionó, sin embargo Tobias y todos los demás se dan cuenta, a través de una golpeada Cara, que Tris murió. Tobias no podía aceptarlo, con mucho dolor y tristeza. Uriah finalmente es desconectado después con la presencia de Zeke y Hana, adoloridos.
Tobias consigue un suero de la memoria, que usará en él, para olvidar el dolor por la muerte de Tris, sin embargo Christina lo convence en que eso sería un acto cobarde y que Tris no habría querido que Tobias se olvidara de ella, Tobias suelta el suero.
Dos años después Tobias sigue con su vida con una mínima cantidad de dolor por Tris. El fue uno de los primeros pobladores de Chicago, la ciudad se convirtió en una zona que permite la entrada y salida de personas al exterior siempre y cuando tengan un permiso. Tobias mantiene una relación muy estable con su madre, ella empezó a vivir en el exterior. Zeke, Christina, Shauna, Amar y George empezaron a vivir en el
Edificio Hancock, con diferentes trabajos en la ciudad, al igual que Caleb, Matthew y Cara que viven en el Parque Millenium.
Tobias, por honor a la valentía de Tris, desea esparcir sus cenizas por la tirolesa donde Tris se lanzó cuando ella se convirtió en Osadía, algo que a Tris le hubiera gustado que Tobias hiciera. Tobias lo hace, junto a Caleb, Shauna, Zeke, Christina y Cara.
Él finalmente acepta la muerte de Tris, y a través de un consejo de Christina el seguirá viviendo sin problemas.
